Kontorsarbetaren Thomas Anderson arbetar på nätterna som datahackern Neo. Han får en varning från den okända kvinnan Trinity, men åker fast genom agenten Smith som behöver Neos hjälp för att få fast en man vid namn Morpheus. Neo vägrar och släpps fri. Trinity tar honom med för att möta Morpheus, som är ledare för en grupp som bekämpar Matrix - en artificiell intelligens som kontrollerar världen. Morpheus förklarar att planetens människor är fångar i illusionen av att det är 1999 (egentligen långt tillbaka) och att Matrix utnyttjar människornas energi för sin egen fortlevnad. Neo ansluter sig till Morpheus grupp. Morpheus börjar träna honom och Neo kan programmeras med fenomenala färdigheter.